Viaţa Mitropoliei Basarabiei a fost tulburată, în continuare, de campania agresivă, de intoleranţă şi de ameninţări a autorităţilor de stat ale Republicii Moldova şi a ierarhilor Mitropoliei Moldovei, subordonată canonic Patriarhiei Ruse.
În anul 2007 a fost provocat aşa-zisul scandal al eparhiilor istorice reactivate de Mitropolia Basarabiei, deşi ele erau înregistrate de mai mulţi ani de Serviciul de Stat pentru Problemele Cultelor, care aprobase, de asemenea, prin ordinul 33/ 22 februarie 2007, modificările şi completările la Statutul pentru organizarea şi funcţionarea Mitropoliei Basarabiei, înregistrat prin ordinul 1651/30 iulie 2002.
Într-un interviu acordat revistei mitropolitane “Misionarul”, în noiembrie 2007, ÎPS Mitropolit Petru al Basarabiei caracterizează astfel reacţiile violente ale ierarhilor supuşi canonic Patriarhiei Moscovei: “Sunt reacţii întârziate, exagerate, iresponsabile şi fără temei canonic. Ceea ce am făcut noi constituie o acţiune pastorală, care priveşte modul de organizare al Mitropoliei noastre… Cui serveşte incitarea la ostilitate, ură şi intoleranţă, care s-a desprins zilele acestea din gura unor slujitori-ierarhi sau preoţi?”.
La 1 decembrie 2007, Vladimir Voronin, preşedintele Republicii Moldova, a declarat la postul de televiziune NIT că va contesta hotărârea CEDO din 13 decembrie 2001 şi a ameninţat cu un război religios; aceeaşi atitudine intolerantă faţă de Mitropolia Basarabiei o va reînnoi într-o declaraţie făcută pe 19 decembrie 2007,
Începând cu 2 decembrie 2007, majoritatea preoţilor Mitropoliei Basarabiei au fost hărţuiţi şi intimidaţi de reprezentanţi ai Poliţiei şi ai Serviciului de Informaţii şi Securitate, iar unii preoţi, cu cetăţenie română, au primit interdicţia de a locui sau intra în Basarabia.
Însuşi ÎPS Petru a fost reţinut şi perchiziţionat timp de două ore de grănicerii şi vameşii moldoveni în ziua de 26 decembrie 2007, la revenirea sa în Republica Moldova.
În această situaţie, Mitropolia Basarabiei, s-a adresat, la 9 ianuarie 2008, Secretariatului General al Consiliului Europei şi Comitetului de Miniştri al Consiliului Europei, precum şi raportorilor APCE pentru Republica Moldova, cu rugămintea de a supraveghea modul de îndeplinire de către Republica Moldova a Hotărârii CEDO din 13 decembrie 2001.
Cu toate acestea, atacurile autorităţilor moldovene împotriva Mitropoliei Basarabiei şi pentru intimidarea şi izolarea ÎPS Mitropolit Petru nu au încetat şi, la 20 august 2008, ÎPS Mitropolit Petru a adresat o nouă scrisoare organismelor europene amintite mai sus. În scrisoare se arată că „presiunile şi persecuţiile deschise sunt înlocuite de reprezentanţii Statului cu diverse tertipuri procedurale sau cu forme discrete de sabotaj”. ÎPS Mitropolit reclamă blocarea procesului de înregistrare a comunităţilor Mitropoliei Basarabiei, refuzul Guvernului de a restitui Arhivele Mitropoliei Basarabiei confiscate în timpul ocupaţiei sovietice, acest refuz „creând dificultăţi în procesul de revendicare în instanţele judecătoreşti a bunurilor bisericeşti confiscate de statul sovietic şi gestionate în prezent de Guvernul Republicii Moldova”.
La 1 iunie 2009, ÎPS Mitropolit Petru a adresat o nouă scrisoare Serviciului de Executare a Hotărârilor CEDO din cadrul Direcţiei Generale pentru Drepturile Omului şi Chestiuni Juridice a Secretariatului General al Consiliului Europei, atrăgând atenţia asupra lipsei oricărui progres în vederea îndeplinirii Hotărârii CEDO din 13 decembrie 2001, rămasă definitivă la 27 martie 2002, şi făcând cunoscute toate încălcările de către Guvernul Republicii Moldova a hotărârii respective.
Strădaniile ÎPS Mitropolit Petru şi ale colaboratorilor Înaltpreasfinţiei Sale pentru slujirea Mitropoliei Basarabiei în înfruntarea cu răuvoitorii ştiuţi sau neştiuţi, văzuţi sau nevăzuţi, apropiaţi sau depărtaţi, sunt notabile, dar victoria de la 30 iulie 2002 pare a fi astăzi mai mult „pe scut decât cu scut”, după cum se exprimau mamele ateniene acum 2500 de ani. Deocamdată, nu există nici o dovadă că lucrurile se vor schimba. Vom trăi şi vom vedea ce se va întâmpla. Sau, mai bine zis, vom trăi şi vom lupta. În rest, totul este tăcere. Patriarhia Română tace. Noi ascultăm cuvântul Mântuitorului: „În lume necazuri veţi avea; dar îndrăzniţi. Eu am biruit lumea” (Ioan 16, 33).
Prof. Gheorghe Badea, Iaşi